Proteinlerdeki konformasyonel değişimler, yani şekil değişiklikleri, proteinlerin işlevleri için hayati bir öneme sahiptir; ancak AlphaFold3 gibi son teknoloji yapay zeka sistemleri için bu değişimleri tahmin etmek hâlâ zorlu bir görevdir. Moleküler Bilimler Enstitüsü ve SOKENDAI İleri Araştırmalar Lisansüstü Üniversitesindeki araştırmacılar, tahmin edilen yapılar arasına itici bir kuvvet ekleyerek AlphaFold3'ün varsayılan ayarlarında nadiren yakalayabildiği çoklu konformasyonel durumları örnekleyebilmesini sağladılar.

Proteinler, aminoasit dizilimleri tarafından belirlenen üç boyutlu yapılara katlanan, aminoasitlerden oluşan zincir benzeri moleküllerdir. Proteine bağlanan bir molekül olan ligand bağlanması gibi çeşitli sinyallere yanıt olarak madde sentezlemek veya taşımak gibi işlevleri yerine getirebilmek için bu yapının farklı şekilleri arasında geçiş yaparlar. Bu farklı şekillere konformasyonel durum adı verilir.